지방자치단체 명의로 수취한 세금계산서를 지방공사의 공급가액에서 제외할 수 있는지

지방공사의 책임과 계산으로 환경기초시설 등을 운영 및 유지·관리하면서 지방자치단체로부터 지급받는 대행사업비 전액이 용역의 공급대가에 해당하나, 지방자치단체의 책임과 계산으로 해당 시설을 운영 및 유지·관리하면서 지방공사가 단순히 그 지출만을 대행하고 받는 금액은 용역의 공급대가에 해당하지 아니하는 것임

[회신] 귀 서면질의의 경우, 지방공사가 자기의 책임과 계산으로 환경기초시설, 하수관거, 문화스포츠관련시설 등의 운영 및 유지․관리용역을 제공하면서 지방자치단체로부터 정산하여 지급받는 「지방공기업법」제71조에 따른 대행사업비 및 대행수수료는 「부가가치세법」제11조에 따른 용역의 공급대가에 해당하므로 해당 대가 전액을 부가가치세 공급가액에 포함하는 것이나, 지방자치단체의 책임과 계산으로 해당 시설을 운영 및 유지․관리하면서 지방공사는 단순히 그 지출만을 대행하고 거래 상대방으로부터 세금계산서에 공급받는 자를 지방자치단체장으로 기재하거나 「부가가치세법 시행령」제69조에 따라 세금계산서를 수수한 경우에는 지방자치단체로부터 받는 대행사업비 및 대행수수료에서 해당 세금계산서의 공급가액을 제외한 가액을 지방공사의 부가가치세 공급가액으로 하는 것입니다. 다만, 귀 질의의 경우 단순히 지출만을 대행한 것인지 여부는 거래형태, 계약관계 등 사실관계를 종합적으로 판단하여 결정할 사항입니다. 1. 사실관계 ○ ★★도시관리공사(이하 “당사”이라 함)는 ★★시에서 100% 출자 하여 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사로 ★★시와 다음과 같은 위․수탁사업에 대하여 계약을 체결하고 매년 대행사업비를 지급받고 있음 | ※ 위․수탁 사업 1. 환경기초시설 위탁사업 - 수도권 시민의 식수원인 팔당호의 수질보전을 위하여 현재 12개의 하수처리장과 분뇨처리장, 축산폐수처리장과 하수슬러지소각장, 마을 하수도시설 위탁운영 2. 하수관거 유지관리 위탁사업 - 환경기초시설과 연계된 시설로서 하수처리업무의 일원화로 관로의 보수, 유지관리업무 위탁운영 3. 주차장관리 위탁사업 - 주차수요 해소 및 도시의 교통을 원활히 하기 위하여 4개의 주차장 관리업무 위탁대행 4. 종량제 쓰레기 봉투 판매 위탁사업 - 종량제 쓰레기 봉투의 원활한 공급을 위하여 쓰레기 봉투 소매점에 대한 판매를 위탁대행 5. 도로공사 위탁사업 - ★★시가 발주한 도로공사에 대해서 토지보상 및 공사감독업무를 위탁받아 대행 6. 문화스포츠센타운영사업 - ★★시의 문화스포츠관련시설에 관한 유지․관리업무 위탁대행 | ○ 당사는 ★★시로부터 상기 5개 위탁사업(도로공사 위탁사업 대행용역은 없음)에 대하여 매년 또는 2～3년 단위로 위탁계약을 체결하고 - 매년 단가협의서 작성을 한 후 대행사업비를 지급받고 있으며 연말 정산을 통해 ★★시로부터 지급받은 대행사업비 중 미집행 금원은 다시 ★★시로 반환하고 있음 ○ 당사는 매 회계연도의 사업계획과 모든 수입 및 지출을 예산에 편성하여 이사회의 의결을 거쳐 ★★시장에게 확정보고를 하여 집행하고 있으며 - 「지방공기업법」 및 행정안전부의 지방공기업결산지침에 따라 사업 연도 종료 후 2월 이내에 결산을 완료하고, 공인회계사의 감사보고서를 첨부하여 ★★시장에게 보고하여 승인을 얻고 있음 ○ ★★시는 당사와의 위수탁계약에 대한 대행사업비에 대한 예산편성을 아래와 같이 하여 매년 당사와 단가 계약을 체결하고 있으며, 2013 사업연도 환경기초시설 위탁관리비의 단가계약은 아래와 같음 ※ 환경기초시설 위탁관리비 비목별 내역 (단위: 천원) | 구 분 | 계약금액 | 비고 | | 환경기초시설 | 노무비 | 6,317,244 | | | 경비 | 5,265,487 | | | 슬러지 | 슬러지처리비 | 3,773,201 | | | 총원가 | 15,355,934 | | | 대행수수료 | 767,796 | 총원가의 5% | | 부가가치세 | 76,779 | | | 합 계 | 16,200,510 | | ○ 당사에서 관리하고 있는 폐수, 하수처리시설은 모두 ★★시 소유이고, - ★★시의 책임과 계산으로 시민들에게 ★★시명의로 수도료를 징수 하고, 폐수, 하수처리에 대한 공공시설을 운영하면서 관련 운영관리에 대해서만 당사와 위탁계약을 체결 - 환경기초시설에 대한 민원은 ★★시에서 담당 ○ 종량제 쓰레기 봉투 판매 위탁사업, 문화스포츠센타 운영사업 또한 내용이 동일하며 - 관련 수입은 당사가 소비자에게 사용료를 징수하고 ★★시의 세입계좌로 전액 송금, ★★시의 책임과 명의로 수익에 대한 세금계산서, 현금영수증 등을 발행하여 주고 있음 ○ 당사는 위․수탁 대행사업비 총액에 대하여 ★★시로부터 지급을 받고 있으며 위수탁계약 제7조에 따라 대행사업 집행과 관련하여 당사가 직접 대금을 지급하였으나 - 공급받는자가 ★★시로 되어있는 매입세금계산서는 대부분 전력비 등 공공요금과 시설물에 대한 수선비 등으로 모든 시설의 소유자는 ★★시로 당사의 소유로 된 자산이 아니기때문이며 - 당사의 책임과 계산으로 집행한 부분은 당사를 공급받는자로 하여 매입세금계산서를 수취하였음 | ※ 위․수탁 계약서 제7조(비용부담) ① 위․수탁업무 수행에 소요되는 모든 비용은 “을(★★도시관리공사)”이 부담하되, 「지방공기업법」제26조 및 「법인세법 시행령」제31조의 규정에 의한 자본적지출에 해당하는 다음 각호의 비용은 “갑(★★시)”이 부담하며 시행은 “을”로 하여금 하게 할 수 있다. 1. 위탁자산의 가치를 증진시키거나 내구연수를 증가시키는 시설공사 또는 대규모 개보수 공사 중 300만원을 초과하는 비용(단, 하수관거 제외) 2. 실험장비 등 고정자산의 취득(단, 원가에 반영된 것은 제외) 3. 천재지변에 의한 긴급한 시설보완 및 피해복구에 소요되는 비용 4. 환경기술개발 및 지원에 관한 법률 제13조에 의한 기술진단수수료 5. 화재 및 풍수해보험표 6. 기타 전력비, 슬러지처리비 등“갑”이 인정하는 비용 | ○ ★★시는 수취한 매입세액에 대하여 불공제매입세액으로 부가가치세 신고하였으며 상기의 매입과 관련하여 공제받은 내역은 없으며 - 당사는 대행사업비 전액을 법인세 수입금액으로 집행한 원가(노무비, 경비 등) 전체에 대하여 손금으로 법인세 신고를 하였음 2. 질의내용 ○ 지방자치단체명의로 수취한 세금계산서 금액을 지방공사의 공급가액에서 제외할 수 있는지 여부 3. 관련법령 ○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다. 1. 역무를 제공하는 것 2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 ○ 부가가치세법 제16조 【용역의 공급시기】 ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다. 1. 역무의 제공이 완료되는 때 2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때 ○ 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. <개정 2015.8.11> 18. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 ○ 부가가치세법 제29조 【과세표준】 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세 기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다. ② 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 그 재화에 대한 관세의 과세가격과 관세, 개별소비세, 주세, 교육세, 농어촌특별세 및 교통 ㆍ에너지ㆍ환경세를 합한 금액으로 한다. ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액 ○ 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】 ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다. <개정 2014.1.1> 1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액 ② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. ○ 부가가치세법 시행령 제46조 【국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】 법 제26조제1항제19호에 따른 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체 조합이 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것으로 한다. 1. 「우정사업 운영에 관한 특례법」에 따른 우정사업조직이 「우편법」 제15조제1항에 따른 선택적 우편역무 중 소포우편물을 방문접수하여 배달하는 용역 2. 「철도건설법」에 따른 고속철도에 의한 여객운송용역 3. 부동산임대업, 도매 및 소매업, 음식점업·숙박업, 골프장 및 스키장 운영업, 기타 스포츠시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. ○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제4호의5 및 제9호는 2018년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의 2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2017년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다. 6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 ○ 지방공기업법 제49조 【설립】 ① 지방자치단체는 제2조에 따른 사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우에는 지방공사(이하 "공사"라 한다)를 설립할 수 있다 . 이 경우 공사를 설립하기 전에 특별시장, 광역시장, 특별자치시장 , 도지사 및 특별자치도지사(이하 "시ㆍ도지사"라 한다)는 행정자치부 장관과, 시장ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다)은 관할 특별시장ㆍ광역시장 및 도지사와 협의하여야 한다. <개정 2013.6.4, 2014.11.19> ② 지방자치단체는 공사를 설립하는 경우 그 설립, 업무 및 운영에 관한 기본적인 사항을 조례로 정하여야 한다. ③ 지방자치단체는 공사를 설립하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 주민복리 및 지역경제에 미치는 효과, 사업성 등 지방공기업 으로서의 타당성을 미리 검토하고 그 결과를 공개하여야 한다. <개정 2013.6.4> ○ 지방공기업법 제71조 【대행사업의 비용 부담】 ① 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있으며, 이 경우에 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담한다. ② 제1항에 따른 비용의 부담에 필요한 사항은 대통령령으로 정하는 사항을 제외하고는 조례로 정한다.